Le diagnostic génétique de la sclérose latérale amyotrophique (SLA) pourrait identifier l'origine de la maladie, ce qui permettrait au patient de bénéficier d'une thérapie ciblée ou génique. Cependant, de nombreuses formes familiales de SLA ne sont pas diagnostiquées génétiquement, soit parce qu'aucune variante n'a été détectée dans les gènes concernés, soit parce que la ou les variantes détectées ont une signification incertaine. Actuellement, le diagnostic moléculaire se déroule en deux étapes : 1) Recherche de l'expansion GGGGCC dans le gène C9ORF72 par RP-PCR ; 2) Analyse des régions codantes par séquençage à haut débit d'un panel de 30 gènes impliqués dans la SLA. Un grand nombre de ces variants à la signification incertaine affectent l'épissage. Leur impact peut être prédit à l'aide d'outils in silico, mais seule une analyse de l'ARN du patient peut confirmer leur caractère pathogène. Actuellement, l'analyse des transcrits n'est réalisée qu'a posteriori, lorsqu'un variant dont l'impact sur l'épissage est prédit est détecté sur l'ADN du patient. La RT-PCR suivie du séquençage Sanger permet alors de vérifier l'impact des variants d'épissage. Cette méthode a permis de confirmer l'impact de certains variants d'épissage chez les patients. Toutefois, cette méthode prend du temps, nécessite un développement personnalisé et dépend de la mutation, du gène et du patient. En revanche, le séquençage de l'ARN à haut débit (RNA-Seq) analyse simultanément l'épissage de nombreux gènes, avec une approche globale, applicable à tous les patients. Cette approche évite la conception personnalisée d'amorces, qui peut être biaisée par l'interprétation des prédictions d'épissage, tandis que l'ARN-Seq capture et séquence systématiquement tous les transcrits. Enfin, l'ARN-Seq fournit des informations supplémentaires par rapport au séquençage de l'ADN, telles que la détection du saut d'exon, l'inclusion d'intron et la création de transcrits de fusion. Dans le projet GTEx (Consortium GTEx, 2013), les niveaux d'expression des transcrits du génome humain ont été quantifiés par RNA-Seq. À partir de ces résultats, les chercheurs de l'étude ont mesuré l'expression des transcrits des gènes connus de la SLA dans le sang total. En appliquant une valeur seuil de 0,5 transcrit par million de lectures (TPM), 25 des 30 gènes de la SLA actuellement analysés par NGS dans les diagnostics de routine au CHU de Nîmes pourraient être éligibles à une analyse complète par RNA-Seq. Aucun des laboratoires français réalisant des analyses génétiques de la SLA n'a encore développé l'ARN-Seq comme outil de diagnostic de routine. Le laboratoire d'étude reçoit plus de 600 demandes de diagnostic génétique de patients atteints de SLA par an. L'objectif de cette étude est donc de développer une méthode globale d'analyse des transcrits ARN des gènes de la SLA afin de catégoriser les mutations pour améliorer la prise en charge diagnostique des patients.